Organizace JKA byla založena v květnu 1949. První ředitelství vzniklo roku 1955 v městské části Yotsuya, Tokyo. Prvním předsedou JKA byl jmenován pan Saigo Kichinosuke, který byl členem horní komory senátu Japonska …

Období vzniku (1949 – 1957)

Organizace JKA byla založena v květnu 1949. První ředitelství vzniklo roku 1955 v městské části Yotsuya, Tokyo. Prvním předsedou JKA byl jmenován pan Saigo Kichinosuke, který byl členem horní komory senátu Japonska. Pan Saigo Kichinosuke byl vnukem slavného Saigo Takamoriho, který byl významný hrdina z období Meiji.

V roce 1956 JKA založila výcvikový program prvních specializovaných instruktorů karate (kenshuei), které probíhaly v honbu dojo. Ten je dodnes považovaný za nejlepší instruktorský výcvikový program a je velmi odlišný od jiných organizací karate. Díky instruktorskému výcvikovému programu byl postaven hlavní kádr dvaceti jedinečných instruktorů karate, kteří byli zaměstnáni na plný pracovní úvazek jako profesionální instruktoři karate v honbu dojo.

Dne 10. dubna 1957 se JKA stalo legální organizací. Tehdejší Japonské Ministerstvo Školství (nyní Ministerstvo Školství, Věd, Sportu a Kultury) oficiálně uznalo JKA jako sdružení členů pro popularizaci a šíření karate a organizaci, která pořádá pravidelný tréninkový program. Za účelem pořádání soutěží karate vznikla o dvanáct let později další organizace JKA karate (Japan Karate Federation), která nebyla založena na členství lidí, nýbrž na členství jednotlivých organizací.

Zhruba dva týdny po oficiálním uznání JKA odešel ve věku 89 let zakladatel Gichin Funakoshi. Po necelé dekádě plné milníků skončila první zakladatelská éra karate. Její reálný růst ale ještě přišel.

Období růstu a rozvoje (1957 – 1989)

Popularita karate postupně narůstá. V říjnu roku 1957 uspořádalo JKA první celojaponské mistrovství v karate konané v Tokyu, které bylo otevřené všem stylům. Na tomto mistrovství byla stanovena historicky první pravidla pro zápas v karate. Soutěžilo se ve 4 disciplínách, které byly kumite muži, kata muži, kumite družstev a kata družstev.

V době kdy bylo zavedeno každoroční konání celojaponského mistrovství karate, už probíhala výuka v mnoha městech a karate bylo vyučováno na 40ti předních japonských univerzitách. V roce 1958 byl pan Masatoshi Nakayama jmenován do funkce šéfinstruktora. V roce 1961 navštívila celojaponské mistrovství karate Jeho Majestátnost Královský Princ (dnes Jeho Majestátnost Japonský Císař), čímž popularita karate opět vzrostla.

Za několik let se disciplíny soutěží rozrostly o univerzitní věkovou kategorii (1969), kata ženy (1974), věková kategorie mládeže (1975) v rámci všeobecného rozdělení do  jednotlivých disciplín. Úplně samostatně pak vznikla věková kategorie juniorů (středních školy) a dorostu (vysoké školy) a nakonec v roce 1985 vznikla disciplína kumite ženy (1985). Zájem o karate tak enormně stoupl a počet cvičících velmi vzrostl.

V průběhu tohoto časového období JKA dále rozvíjela vyučovací systém a působnost karate se rozšířila do celého Japonska. V roce 1958 JKA začalo vysílat své nejnadanější instruktory profesionály do zámoří do Ameriky, Evropy a střední Asie za účelem vyučovat karate a zřídit v těchto destinacích dojo. Karate se stalo velkým hitem i mimo Japonsko.

V roce 1975 se uskutečnilo první mezinárodní mistrovství v karate pořádané IAKF (International Amateur Karate Federation), které bylo sponzorované JKA. Tento světový pohár se konal v USA s periodou 2 let a celkem se konal 4 krát. Za účelem zachování korektní techniky a bojového ducha v soutěži na ippon shobu (zasažení oponenta jednou technikou, po které by nemohl pokračovat v boji) JKA zřídila International Shoto World Cup Championchip Karate Tournament. Ten se konal v roce 1985 v Japonsku a setkal se s ohromným úspěchem.

Toto časové období potvrdilo to, jak moc se bojové umění karate rozšířilo do celého světa. Stejně tak se potvrdil průběžný výcvik instruktorů a rozvoj techniky karate v jeden ucelený a kompletní systém. Tím se též utříbily a vyčistily vědecké a praktické zkušenosti v oblasti kumite, pozice, kihon a pohybu což dále vedlo k objasnění mezi „správným“ a „špatným“ způsobem načasování každého postoje, úderu kopu nebo jiné techniky.

JKA byla vůbec první organizace karate, která založila dojo mimo Japonské území. To je vlastně důvodem, proč je JKA tak silné a stabilní i za hranicemi Japonska. JKA se tak stalo jedinou organizací, která měla kvalifikované a profesionální instruktory, kteří vyučovali karate na univerzitách a vysokých školách na plný pracovní úvazek.

V roce 1986 byl pan Nakaraha Norihiko jmenován osmým předsedou JKA. Pan Nakahara Norihoko byl významný obchodní zastupitel a bývalý předseda Tokyo University Karate Club.

Poté co JKA dosahovalo vrcholu své slávy, odchází mistr Masatoshi Nakayama ve věku 74 let.

Období potvrzení stability (1990 – 1999)

V roce 1990 bylo JKA zasaženo krizí způsobenou tím, že se určitá část členů uvnitř samotného JKA oddělila a požadovala oficiální změnu úřední registrace definující podstatu vzniku a působení JKA. Oddělená skupina svolala mimořádnou schůzi valné hromady, jejíž program nebyl dostatečně připraven a současně nebyl shledán důvod jednání požadovaný zákonem. I tak došlo ke změně úřední registrace na základě výsledku uskutečněné valné hromady. Ale tato změna byla okamžitě označena za nezákonou čímž se rozpoutala soustavná řada sporů uvnitř celého vedení JKA.

Navzdory vnitřním sporům se JKA i nadále rozvíjelo a rozrůstalo. Zdrcující většina všech členů a instruktorů zůstala věrná původním základům JKA. Poté byl zvolen do funkce šéfinstruktora mistr Sugiua Motokuni (rok 1991). Společně s předsedou JKA panem Nakahara Nobuyuki iniciovali kroky vedoucí k návratu k pravé podstatě vzniku JKA (pravému duchu karate). A tento duch byl v tomto období potřeba nejvíce.

V roce 1994 JKA publikovalo první sérii 5 ti instruktážních knih zaměřených na kata. Tato série knih se v brzké době stala doslova biblí kata.

V roce 1995 byl uzavřen spor z roku 1990 a soud vydal usnesení, které bylo ve prospěch a potvrzení původní registrace JKA. Tak jak všichni členové předpokládali JKA vyhrálo soudní případ vedený u místního soudu v Tokyu. V červnu 1998 toto usnesení potvrdil i Nejvyšší soudní dvůr Japonska a případ byl definitivně uzavřen obnovením původní registrace JKA, tak jak byla definována při jejím vzniku panem Gichinem Funakoshim.

V tomto období JKA bylo vystaveno nejen nejistotě, ale zároveň i díky uplynulým událostem potvrdilo svou sílu a jednotu. Bylo dosaženo vnitřního sjednocení a upevnění pravé podstaty vzniku JKA.

Vpřed do 21. století (2000 až po současnost)

JKA vkročilo do 21. století obnovením původní registrace definující pravou podstatu vzniku JKA. JKA také provedlo restrukturalizaci vnitřní organizace a přeorganizování finanční základny.

V prosinci roku 2000 byl zakoupen pozemek pro výstavbu nového Honbu Dojo přímo v centru Tokya. To je vůbec poprvé, co JKA vlastní pozemek a budovu Honbu Dojo. Slavnostní otevření se konalo v květnu 2001 za účasti významných osobností a členů dalších organizací karate.

S obnoveným elánem se JKA přesunula do funkce udržování nejvyšších tradic karate.

V roce 2004 byly spuštěny oficiální internetové stránky JKA, které také napomáhají šířit pravou podstatu a nejvyšší tradici karate.